En un segundo partido entre Garry Kasparov y la máquina “Deep Blue”, y tras fuertes mejoras a la máquina (extraoficialmente apodada “Deeper Blue”), Kasparov es derrotado con un marcador de 3½–2½ (1 punto por juego ganado y ½ punto por empate), convirtiéndose en el primer sistema informático en derrotar a un campeón del mundo en un partido bajo controles de tiempo de torneo de ajedrez estándar. Su fuerza de juego derivó principalmente al increíble poder de procesamiento: un sistema de procesamiento paralelo masivo basado en el RS/6000 con 30 nodos, cada uno con 30 microprocesadores P2SC de 120 MHz, ampliados con 480 procesadores VLSI de uso especial, especializados en ajedrez. El programa se encontraba escrito en lenguaje C y corría bajo el sistema operativo AIX, siendo capaz de evaluar 200 millones de posiciones por segundo, el doble de rápido que su versión anterior de 1996. Tras su derrota, Kasparov dijo que a veces veía una profunda inteligencia y creatividad en los movimientos de la máquina, sugiriendo que durante el segundo partido habían intervenido jugadores humanos en nombre de la máquina, lo cual sería una violación de las reglas. IBM negó haber hecho trampa, diciendo que la única intervención humana ocurría entre juegos, ya que las reglas permitían a los desarrolladores modificar el programa entre juegos, una oportunidad que decían usar para apuntalar las debilidades en la manera de jugar de la máquina conforme se llevaba a cabo el partido. Kasparov solicitó copias impresas de los archivos de registro de la máquina, pero IBM se negó. También exigió una revancha, pero IBM se negó y desmanteló la “Deep Blue”.
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